Numizmatička zbirka sadrži izuzetno vrijedne primjerke novca. Utemeljena je 1948. godine, prvom donacijom prof. dr. Antuna Bauera, te je uz druge predmete bila temelj za osnivanje Gradskog muzeja Vukovar. U kasnijem razdoblju narasla je na ukupno 16316 primjeraka i obuhvaća nalaze grčke (15 srebrnih drahmi grčkih kolonija Appolonije i Dyrrachiona), rimske (uz velik broj brončanog novca ističe se zlatnik cara Vespazijana), bizantske (38 bakrenih i 2 solidusa), srednjovjekovne (uglavnom srebrni novac i 5 zlatnika) i novovjekovne numizmatike (od 16. – 20. st.), papirnati novac (19. i 20. st.), žetone, medalje i dva voštana pečata.