Gradski muzej Vukovar je osnovan 1946. godine, a prvi stalni postav otvoren je 1948. godine zahvaljujući prvoj donaciji osnivača Vukovarca dr. Antuna Bauera. U vremenskom periodu do 1991. godine Muzej je imao četiri zasebna odjela u posebnim zgradama: Gradski muzej sa zavičajnim zbirkama u dvorcu Eltz, Zbirku Bauer i galeriju umjetnina koja sadrži najcjelovitiju zbirku moderne hrvatske umjetnosti u zgradi Diližansne pošte, Memorijalni muzej posvećen nobelovcu Leopoldu (Lavoslavu) Ružički u njegovoj rodnoj kući i Muzej novije povijesti u Radničkom domu. Radom u progonstvu u periodu od 1992. godine do danas, na inicijativu gospodina Bože Biškupića, skupljena je zbirka umjetnina koju su hrvatski umjetnici darovali Gradskom muzeju. Toj ideji su se pridružili i umjetnici iz Italije, Austrije, Njemačke, Poljske, Francuske i drugih zemalja. Zbirka nosi naziv Muzej Vukovara u progonstvu i danas broji 1500 umjetnina, a zasigurno je jedna od najznačajnijih presjeka suvremene hrvatske umjetnosti. Ovoj donaciji priključila se i Zbirka od 150 umjetnina nastala donacijom 22 umjetnika iz 11 zemalja u organizaciji talijanskog likovnog kritičara Alviania.U procesu mirne reintegracije Hrvatskog Podunavlja i početka djelovanja u razorenom dvorcu Gradski muzej je, uz niz izložbi, promocija i izdavačkih aktivnosti, inicirao i manifestacije koje su postale tradicionalne i danas su nedjeljiva slika grada: Vukovarski festival komorne glazbe gdje su učešće uzeli hrvatski i europski glazbenici, zatim likovnu manifestaciju Nebo nad Vukovarom 27. svibnja, kojom se obilježava datum povratka Muzeja na svoju domicilnu adresu 1998. godine, zatim Memorijal Stjepana Petrovića, u sklopu kojega se u spomen na kolegu kustosa - voditelja Zbirke Bauer, ubijenog na Ovčari, predstavljaju mladi slikari i diplomanti, zatim Vukovarske adventske svečanosti, koje uz nastupe mnogobrojnih kulturno-umjetničkih društava iz različitih hrvatskih krajeva prezentiraju tradicijske običaje od Adventa do Božića.Tijekom tog vremena uslijedio je povrat umjetnina te je u prosincu 2001. godine, kao rezultat aktivnosti Ministarstva kulture RH, u Mramornoj dvorani dvorca Eltz potpisan Protokol o povratu umjetnina u Vukovar, kojeg je u ime Ministarstva kulture RH i ministra Antuna Vujića, potpisala pomoćnica ministra mr.sc. Branka Šulc. Gradski muzej je nakon deminiranja terena, 2001. godine nastavio arheološka istraživanja Vučedola koja vodi dugogodišnji istraživač dr.sc. Aleksandar Durman. Zahvaljujući rezultatima njegovih istraživanja snimljene su dvije dokumentarne televizijske serije: Vučedol-akropola na Dunavu i organizirane izložbe: Vučedol: 3000 godina prije Kr. u Klovićevim dvorima u Zagrebu, Vučedolski Orion - najstariji europski kalendar u Gradskom muzeju Vukovar, Arheološkom muzeju u Zagrebu i Narodnom muzeju u Ljubljani te izložbu Zašto svi bogovi metalurgije šepaju - golubica ili jarebica u Gradskom muzeju u Vukovaru i Galeriji Klovićevi dvori u Zagrebu. Gradski muzej Vukovar aktivni je sudionik u dva projekta u sklopu jedinstvenog projekta Vlade RH, a koje pod nazivom “Obnova i revitalizacija kulturne baštine Ilok-Vukovar-Vučedol", provodi Ministarstvo kulture RH. To su projekti izgradnje Arheološkog parka i Muzeja vučedolske kulture na Vučedolu i projekt otvorenja stalnog postava Gradskog muzeja Vukovar u obnovljenom dvorcu Eltz.